La causa principal de la atrofia vaginal es la disminución en sangre de los niveles de estrógenos, que son las hormonas sexuales femeninas, producidos principalmente por los ovarios y, en menor medida, por las glándulas suprarrenales, que son unos pequeños órganos situados encima de ambos riñones, que tienen como función la síntesis hormonal.
Fármacos, los medicamentos que reducen los niveles estrogénicos, los utilizados en el tratamiento del cáncer de mama y las enfermedades uterinas como la endometriosis y los miomas.
Radioterapia en la región pélvica o quimioterapia.
Extirpación ovárica
Lactancia: aunque parezca paradójico los niveles de estrógenos están bajos durante la lactancia, lo que puede producir atrofia vaginal durante dicho período